국가생명연구자원정보센터(KOBIC)

KOBIC 소식

제3회 바이오기업-바이오소재자원은행 교류회 개최

2024. 5. 14. 국가생명연구자원정보센터는 한국신약개발연구조합, 환경부 국립생물자원관 국가야생생물소재은행과 함께 ‘제3회 바이오기업-바이오소재자원은행 교류회’를 5월 14일, 오송 C&V센터에서 개최하였습니다.이번 교류회는 11개 바이오기업이 참여하였으며, 정책 발표, 유망 소재 소개, 바이오소재 활용 촉진 방안 논의 순서로 진행되었습니다.먼저 과기정통부 첨단바이오기술과에서 국가생명연구자원 활용 정책을 소개하고, 2023년 12월 정식 오픈한 BioOne(https://www.bioone.re.kr)을 시연하였습니다. 이어서 야생생물 클러스터에서 수집한 우수소재 및 소재 사업화 지원 경험 등을 발표하였습니다.또한, 국내 바이오소재가 연구뿐 아니라 산업계에서도 폭넓게 활용할 수 있는 생태계가 되도록 바이오기업의 의견을 직접 청취하고 논의하는 자리도 마련되었습니다.국가생명연구자원정보센터는 바이오 산업계가 요구하는 바이오소재를 제공할 수 있는 환경을 조성하기 위해 지속적으로 ‘바이오기업-바이오소재자원은행 교류회’를 개최할 예정입니다. 2024-05-17

KOBIC 공지

29 2024.04

제15차 KOBIC 생명정보 세미나 개최 안내

국가생명연구자원정보센터(KOBIC)에서는 아래와 같이 제15차 생명정보 세미나를 개최하고자 하오니,Single-cell NGS 데이터 분석 기술/해석에 대한 연구에 관심있으신 분들의 많은 참여 바랍니다.○ 일 시 : 2024년 5월 8일 (수요일), 오후 4시~5시○ 장 소 : KOBIC동 중회의실 1207호○ 연 사 : 김용수 교수님 (네덜란드 Amsterdam UMC; 前 네덜란드한인과학기술자협회장)○ 제 목 : Hidden RNA profiles of cells in the tumor microenvironment accurately revealed by malignant cell fraction-informed deconvolution○ 문 의 : 국가생명연구자원정보센터 엄은솔 연구원 (Tel: 8541)AbstractDeconvolution of bulk RNA profiles can identify hidden cell fractions and functional states in the tumor microenvironment. The malignant cells, however, are commonly the most abundant cell type and impair deconvolution by profound interpatient heterogeneity. We developed a malignant cell fraction-informed RNA deconvolution method by Bayesian integration of DNA-derived malignant fraction estimates, OncoBLADE. We evaluated OncoBLADE experimentally using bulk RNA profiles with 19 CyTOF determined cell fractions from blood of 46 individuals, and in silico using 180,177 single-cell RNA profiles from 73 lung tumors. Using malignant cell fractions, OncoBLADE achieved improved accuracy in cell fraction and cell type-specific RNA profile estimation. We tested OncoBLADE on real bulk profiles of 50 adeno- and 50 squamous lung cancer samples, revealing hidden RNA profiles of malignant cells and fibroblasts that distinguished two histological subtypes. In conclusion, multimodal deconvolution utilizing bulk DNA and RNA data accurately unveils hidden RNA profiles within the tumor microenvironment.

공개 분석 파이프라인

Single-Cell-RNA-Sequencing-Pipeline

Bio-express's Single-cell-RNA-Sequencing-Pipeline is an extensible toolkit for analyzing single-cell gene expression data using the Scanpy pipeline. It includes methods for preprocessing, visualization, clustering, differential expression testing. Its Python-based implementation efficiently deals with data sets of more than one million cells. we present ANNDATA, a generic class for handling annotated data matrices. This pipeline features 1) We regress out confounding variables, normalize, and identify highly variable genes. 2) TSNE and graph-drawing (Fruchterman–Reingold) visualizations show cell-type annotations obtained by comparisons with bulk expression. 3) Cells are clustered and plotted using the Louvain algorithm. It also supports clustering using various algorithms. 4) Ranking the differentially expressed genes in clusters identifies marker genes that match the bulk label

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Whole-Genome-Sequencing

The whole-genome-sequencing pipeline is a modular pipeline for processing WGS data. This pipeline takes a fastq file as input and provides haplotype call results and annotations and visualizations based on GATK pipeline. First, raw read data with well-calibrated base error estimates in fastq format are mapped to the reference genome. The BWA mapping application is used to map reads to the human genome reference, allowing for two mismatches in 30-base seeds, and generate a technology-independent SAM/BAM reference file format. Next, duplicate fragments are marked and eliminated with Picard(http://picard.sourceforge.net), mapping quality is assessed and low-quality mapped reads are filtered, and paired read information is evaluated to ensure that all mate-pair information is in sync between each read. We then refine the initial alignments by local realignment and identify suspicious regions. Using this information as a covariate along with other technical covariates and known sites of variation, the GATK base quality score recalibration (BQSR) is carried out. Call germline SNPs and indels via local re-assembly of haplotypes using the recalibrated and realigned BAM files. Finally, we provide somalier, a tool to quickly assess relevance from sequencing data in BAM, CRAM or VCF format.

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KOBICian's Story

[10호] 심의면제연구에서 생산된 인체유래데이터는 어디로? 정재은 (KOBIC 기술원)

K-BDS 국가바이오데이터스테이션
BIO-EXPRESS
국가 바이오 빅데이터 구축
감염병 연구정보포털

Bio-Express 사용방법 바로가기

바이오익스프레스 서비스는 동적 컨테이너 기반 자동화된 워크플로우 분석 플랫폼과 고속 데이터 전송 서비스를 통해 과학 분야의 빅데이터 분석을 가능하게 하는 국내 유일의 클라우드 기반 통합 데이터 분석 서비스입니다.

프로그램 누적 실행 통계
파이프라인 누적 실행 통계

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환경에 맞는 OS용 워크벤치 및 고속전송 서비스를
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Bio-Express CLOSHA Workbench

Bio-Express GBox

Bio-Express GBox-CLI

5,123명

사용자

875건

워크스페이스

74,789건

실행 태스크

국가바이오데이터스테이션 데이터 활용 바로가기

바이오 연구 데이터란 생명과학 분야의 국가 R&D 사업을 통해 생산된 모든 종류의 데이터를 의미하며, 이러한 데이터를 활용한 혁신 연구 방식이 각광받으면서 R&D 혁신을 견인하는 핵심요소로 부각되고 있습니다. 이를 위하여 부처·사업·연구자별 흩어져 있는 데이터를 통합 수집·제공하는 국가바이오데이터스테이션을 구축하여 데이터 기반 바이오 연구 환경을 조성하려 합니다.

데이터별 등록 현황

484건
바이오프로젝트
15,735건
바이오샘플
45,915건
등록된 데이터

바이오 프로젝트 등록 현황

등록 누적 건수(건)

국가 바이오 빅데이터 사업 사업소개 바로가기

정밀의료의 근간이 되는 바이오 빅데이터는 사후적 치료 중심에서 개인 맞춤형 치료·예방의료로 전환됨에 따라 중요도가 커지고 있습니다. 특히 선점 효과가 큰 바이오 산업의 경우 선제적 투자가 필요하며, 주요국들은 대규모 바이오 빅데이터를 구축하고 있습니다. 이에 따라 국가적으로 미래 의료 선도를 위한 국가 바이오 빅데이터를 구축하기 위해 본 사업이 시행되었습니다. 정밀의료 시대의 중심인 '바이오 빅데이터'를 국가차원에서 수집-저장-활용 할 수 있는 기반을 조성하고, 신산업 촉진 및 건강한 삶의 증진에 기여하고자 합니다.

임상정보 수집

16개 희귀질환 협력기관을 지정 운영하여 희귀질환자 모집 후 임상정보 수집

데이터 분석

수집된 희귀질환자의 검체를 자원 제작 기관으로 운송 후 유전체 데이터 생산ㆍ분석

데이터 공유

수집된 임상정보 및 유전체 데이터는 3개의 기관에서 컨소시엄을 구성해 공유

데이터 활용

분석한 데이터는 희귀질환자 상담 및 진료 ㆍ연구 활동 등에 활용

데이터 현황

유전체 데이터 25,000

변이분석 데이터 25,000

임상 정보 25,000

코호트 7

감염병 연구정보포털 소개 바로가기

감염병 연구정보포털(Infectious Disease Data Portal)은 전 세계 감염병 바이러스의 연구데이터를 통합 제공하는 포털 서비스 입니다. 빠르게 변화하는 상황에서 감염병을 이해하고 치료법과 백신을 개발하기 위해 데이터와 결과를 조화롭게 공유하기 위해 KOBIC은 전세계 감염병의 연구정보데이터를 통합하여 제공하고 있습니다.

시퀀스 대시보드

88,386 국내 유전체 서열

1,354 국내 단백질 서열

19,685,177 국외 유전체 서열

35,837,682 국외 단백질 서열

19,764,289 코로나 유전체 서열

35,333,179 코로나 단백질 서열

바이러스

감염병 개요, 입자 및 유전체 구조, 생활사, 역학, 변이 등 바이러스에 대한 통합 정보를 제공

데이터

전세계에서 수집한 염기서열 및 단백질 서열, 단백질 구조를 품질분석하여 제공

통계

바이러스 데이터의 발병 시기, 지역, 변이 등 다양한 통계 서비스

분석도구

간단한 웹 기반의 감염병 표준 염기서열 BLAST 서비스

교육지원

제 47회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - 전사체ㆍ단일세포 유전체 분석 교육

일시23. 08. 24(목) 09:30 ~ 23. 08. 24(목) 17:30
장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

제 46회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 - Long read sequencing 데이터 분석 교육

일시23. 08. 17(목) 10:00 ~ 23. 08. 17(목) 15:00
장소한국생명공학연구원 KOBIC동 3층 교육실

교육지원 누적 실적(건)

연구지원

국내 생명과학 연구의 활성화를 위하여 생명정보학 전문지식 습득 및 전산자원이 필요한 연구자 여러분들께 다양한 생명정보학 관련 연구와 교육을 지원합니다.

042-879-8544
swhwang@kribb.re.kr

KOBIC 온라인 교육

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